לדעת החכם, רבא שמו, כשכתוב בתורה "משפחה" הכוונה לאב ולא לאם. לכן כשכתוב בתורה את חוקי הירושה: "וּנְתַתֶּם אֶת נַחֲלָתוֹ לִשְׁאֵרוֹ הַקָּרֹב אֵלָיו מִמִּשְׁפַּחְתּוֹ" (במדבר, כז; 11) הכוונה לקרובי האב ולא לקרובי האם ובלשון החכם: " משפחת אב קרויה משפחה, משפחת אם אינה קרויה משפחה". שאלו התלמידים: ומשפחת אם אינה קרויה משפחה? הרי כתוב: "וַיְהִי נַעַר מִבֵּית לֶחֶם יְהוּדָה מִמִּשְׁפַּחַת יְהוּדָה וְהוּא לֵוִי וְהוּא גָר שָׁם" (שופטים, יז; 7). מתוך שנאמר ממשפחת יהודה משמע מבני שבט יהודה הוא, ומתוך שנאמר והוא לוי משמע מבני שבט לוי הוא,. כיצד יתכן הדבר? על כורחך אביו משבט לוי ואמו משבט יהודה והכתוב כינה אותו "מִמִּשְׁפַּחַת יְהוּדָה" משמע, יחוס מאם הכתוב מבטא משפחה. תשובה: הכתוב "וְהוּא לֵוִי" כוונתו ששמו לוי ולא שהוא בא משבט לוי. המשיכו התלמידים לשאול: איך יתכן לומר ששמו לוי ולא שבא משבט לוי הרי הכתוב גילה את שמו והוא "יהונתן" כי כך כתוב: "וִיהוֹנָתָן בֶּן גֵּרְשֹׁם בֶּן מְנַשֶּׁה הוּא וּבָנָיו הָיוּ כֹהֲנִים לְשֵׁבֶט הַדָּנִי עַד יוֹם גְּלוֹת הָאָרֶץ" (שופטים, יח; 30). תשובה: אכן שמו יהונתן אך אביו ואמו משבט לוי והסיבה שנכתב "מִמִּשְׁפַּחַת יְהוּדָה" אף שאינו משבט יהודה, כי דרכו של הכתוב ליחס מעשים לאנשים המועדים למעשים רעים. והיות ומלך מנשה מלך יהודה שבא משבט יהודה עבד אלילים תלה הכתוב את יהונתן כאילו הוא משבט יהודה. בדומה לכך בהמשך צויין שמו כך: "וִיהוֹנָתָן בֶּן גֵּרְשֹׁם בֶּן מְנַשֶּׁה" וכי גרשם הוא בן מנשה? הרי הוא בן משה רבנו כי כך כתוב: "בְּנֵי מֹשֶׁה גֵּרְשֹׁם וֶאֱלִיעֶזֶר" (דברי הימים א, כג; 15). אלא שהכתוב ייחס את מעשה יהונתן הרעים לתואם לו והוא מנשה מלך יהודה שעבד אלילים. משמע, כשם שאין הוא בן מנשה כך גם הוא אינו ממשפחת יהודה. (תלמוד בבלי, מסכת בבא בתרא, דף קט, עמוד ב).

נוסח התלמוד כלשונו:

"אמר רבא, אמר קרא: (במדבר כ"ז) ממשפחתו וירש אותה – משפחת אב קרויה משפחה, משפחת אם אינה קרויה משפחה, דכתיב: (במדבר א') למשפחותם לבית אבותם. ומשפחת אם אינה קרויה משפחה? והא כתיב: (שופטים י"ז) ויהי נער מבית לחם יהודה ממשפחת יהודה והוא לוי והוא גר שם, הא גופא קשיא, אמרת והוא לוי – אלמא מלוי אתי, ממשפחת יהודה – אלמא מיהודה אתי! אלא לאו דאבוה מלוי ואימיה מיהודה, וקאמר: ממשפחת יהודה! אמר רבא בר רב חנן: לא, גברא דשמיה לוי. אי הכי, היינו דקאמר מיכה: (שופטים י"ז) עתה ידעתי כי ייטיב ה' לי כי היה לי הלוי לכהן? אין, דאיתרמי ליה גברא דשמיה לוי. וכי לוי שמו? והלא יהונתן שמו, שנאמ': (שופטים י"ח) ויהונתן בן גרשם בן מנשה הוא ובניו היו כהנים לשבט הדני. אמר ליה: וליטעמיך, וכי בן מנשה הוא? והלא בן משה הוא, דכתיב: (דברי הימים א' כ"ג) בני משה גרשם ואליעזר! אלא, מתוך שעשה מעשה מנשה – תלאו הכתוב במנשה, הכא נמי, מתוך שעשה מעשה מנשה דאתי מיהודה – תלאו הכתוב ביהודה".