פיקוח נפש דוחה שבת. כלומר, יהודי העומד בסכנת חיים מותר לחלל שבת כדי להצילו. לדוגמא: תינוק יהודי שטבע בים מותר לפרוש רשת דייג ולהעלותו אף אם יצוד ברשת גם דגים (אסור לצוד דגים בשבת אם אין פיקוח נפש). אך גוי הנמצא בסכנת חיים אין מחללים שבת כדי להצילו. קבע אחד החכמים, רב יוסף שמו, שמותר לחלל שבת עבור אדם הנמצא בסכנת חיים אף שיש ספק גדול אם הוא יהודי. לדוגמה: הייתה קבוצה של תשעה גויים ויהודי אחד (רוב גויים ומיעוט יהודי) שהלכו ממקום למקום וכשהגיעו לחצר נפלה מפולת אבנים על אחד מהם, ואין ידוע על מי, יהודי או גוי. מותר, מחמת הספק, להוציא את האבנים בשבת ולהצילו. שאלו התלמידים: והלא חכם אחר, רבי יוחנן שמו, קבע שאם הלכו קבוצת אנשים שיש בה רוב גויים ומיעוט יהודי ואחד מהם נמצא בסכנת מוות ואין ידוע אם הוא היהודי שביניהם או הגוי אין מחללים עליו את השבת? יש כאן סתירה בין שני פוסקי הלכה, אחד מתיר לחלל שבת גם במקרה שיש מיעוט יהודי והאחר אוסר. תשובה: אין פסקי ההלכה סותרים; כל הלכה נקבעה במציאות שונה. החכם הראשון שהתיר זה במקרה שכל הקבוצה הולכת ביחד בצוותא ונפל על אחד מהם אבנים. במקרה כזה מחללים שבת מחמת הספק שמא יהודי הוא. החכם השני שאסר זה במקרה שמתוך הקבוצה שהלכה ביחד פרשו חלק מהם לכיוון אחר ונפלה מפולת אבנים על אחד מתוך הקבוצה הפורשת. (תלמוד בבלי, מסכת יומא, דף פד, עמוד ב).

נוסח התלמוד כלשונו:

"תנו רבנן: מפקחין פקוח נפש בשבת והזריז הרי זה משובח, ואין צריך ליטול רשות מבית דין. הא כיצד? ראה תינוק שנפל לים – פורש מצודה ומעלהו. והזריז הרי זה משובח ואין צריך ליטול רשות מבית דין – ואף על גב דקא צייד כוורי…אמר רב יוסף אמר רב יהודה אמר שמואל: לא הלכו בפקוח נפש אחר הרוב. היכי דמי? אי נימא דאיכא תשעה ישראל ונכרי אחד בינייהו – רובא ישראל נינהו! (אלא) +מסורת הש"ס: [אי נמי]+ פלגא ופלגא – ספק נפשות להקל. אלא דאיכא תשעה נכרים וישראל אחד – הא נמי פשיטא, דהוה ליה קבוע, וכל קבוע כמחצה על מחצה דמי! – לא צריכא דפרוש לחצר אחרת, מהו דתימא: כל דפריש – מרובא פריש, קא משמע לן דלא הלכו בפקוח נפש אחר הרוב. איני? והאמר רבי אסי אמר רבי יוחנן: תשעה נכרים וישראל אחד, באותה חצר – מפקחין, בחצר אחרת – אין מפקחין! לא קשיא, הא – דפרוש כולהו, הא – דפרוש מקצתייהו. ומי אמר שמואל הכי? והתנן: מצא בה תינוק מושלך, אם רוב נכרים – נכרי, ואם רוב ישראל – ישראל, מחצה על מחצה – ישראל. ואמר רב: לא שנו אלא להחיותו, אבל לייחסו – לא".