פיקוח נפש דוחה שבת רק במקרים שיש סכנת מוות או חשש למוות, אך שאר המחלות שאינן מהוות סכנה אסור לחלל שבת עבורם. ויתירה מכך, אסור אפילו ליטול תרופות עבורם אף שבנטילתן אינו מחלל שבת וזו אחת מתקנות וסייגים של חכמים.
חכמים הגדירו באופן גורף את המחלות שיש בהן חשש סכנת מוות; כל מחלה פנימית בגוף מחללים עליהן את השבת. כך, למשל, מי שיש לו חום (קדחת) נחשב כמחלה פנימית ולכן מותר לחלל שבת עבורה. שאלו התלמידים: מה הם האברים הגובלים בין מחלה פנימית, שמחללים עליה את השבת, לבין מחלה חיצונית שאין מחללים עליה את השבת? תשובה: מהשפתיים כלפי פנים נחשב מחלה פנימית. שאל אחד התלמידים, רבי אליעזר שמו, מה דין כאבי שיניים? ומה הם צדדי הספק? מצד אחד, השיניים הם לפנים השפתיים ויחשבו כאיבר פנימי שמותר לחלל עליו שבת, מצד אחר, שיניים הם איבר קשה שיידון כאיבר חיצוני ולכן אין לחלל עליו שבת. השיב אחד התלמידים, אביי שמו, מתוך שקבעו חכמים קדמונים (תנאים) שאדם שחש כאב בשיניו אסור לו לגרגר פיו בחומץ כתרופה משככת כאבי שיניים, ובלשונם: "החושש בשיניו לא יגמע בהן חומץ" משמע, דווקא "חש כאב" אסור לגרגר בחומץ אך אם יש כאב עז וגדול מותר לגרגר פיו בחומץ. מכאן, ששיניים נידונים כאיבר פנימי שמותר לחלל שבת עליו. דחו התלמידים ראייה זו בטענה שחכמים קדמונים שאמרו "חושש בשיניו" כללו בהגדרה זו גם כאב עז בשיניו שאסור לגרגר פיו בחומץ ביום השבת. הביאו התלמידים ראייה מחכם אחר, רבי יוחנן שמו, ששיניים נידונים כאיבר פנימי שמותר לחלל שבת עבורו. רבי יוחנן חלה במחלת הצפדינה (מחלה הגורמת לדימום בחניכיים ונשירת שיניים הנובעת ממחסור ויטמין c) והלך לנוכריה הידועה כרופאה. היא נתנה לו מרשם תרופתי שהכינה בעצמה. שאל אותה רבי יוחנן כיצד היא מכינה את התרופה כדי שיוכל לעשותה לבד ביום השבת אם הכאבים ימשיכו. אמרה לו הרופאה הנוכריה שהיא מוכנה לגלות לו את סוד תרופתה בתנאי שלא יגלה לאף אחד ושיישבע על כך. נשבע רבי יוחנן ואמר: "לאלוהי ישראל שלא אגלה". גילתה הנוכריה לרבי יוחנן את המרשם התרופתי למחלת החניכיים המדממות. למחרת ביום השבת כשדרש רבי יוחנן בפני קהל המתפללים גילה את המרשם הסודי לכולם. שאלו התלמידים: כיצד גילה? הרי הוא נשבע. תשובה: נוסח שבועתו הייתה כך: "לאלוהי ישראל שלא אגלה" משמע, לאלוהי ישראל הוא לא יגלה אך לעם ישראל כן יגלה, לכן אין זו הפרת שבועה. המשיכו התלמידים לשאול: הלא מעשה זה יגרום "לחילול שם שמיים", הנוכריה שאינה מבחינה בדקויות השבועה תכעס ותסיק שחכמי ישראל שקרנים ומוליכים שולל אנשים זרים. תשובה: רבי יוחנן, מייד לאחר שקיבל את סוד המרשם התרופתי ממנה גילה לה שהוא מתכוון לספר את סודה בבית הכנסת והסביר לה שהוא נשבע בנוסח כזה המתיר לו לגלות סודה. על-כל פנים, אמרו התלמידים, מתוך שרבי יוחנן השתמש ברפואה ביום שבת לצורך כאבי שיניו ודימום חניכיו (מחלת הצפדינה), משמע שיניו נחשבים כאיבר פנימי שמותר לחלל שבת עבורו. דחו התלמידים ראייה זו בטענה שמחלת הצפדינה היא מחלה שמתחילה בחניכיים ובשיניים ומתדרדרת ונגררת למערכת העיכול, לכן נחשבת היא מחלה פנימית. אבל כאבי שיניים רגילים, שאין דימום מהחניכיים, אינם נחשבים כאיבר פנימי אלא כאיבר חיצוני שאין לחלל שבת עבורו. שאלו התלמידים: ממה נגרמת מחלת הצפדינה? תשובה: מתבשיל חיטים קר שאכלו בימות החורף הקרים, או מתבשיל שעורים חם שאכלו בימות הקיץ החמים, או שאכל משיירי תבשיל דג מטוגן בקמח. שאלו התלמידים: מהו המרשם הסודי של אותה רופאה נוכריה, הרי כבר רבי יוחנן גילה סודה. תשובה: ערבבה משקה מי שאור עם שמן זית במלח. תלמיד אחר, מר בר רב אשי שמו, אמר שהמרשם היה אחר; למרוח שומן אווז על החניכיים בנוצת אווז. תלמיד אחר, אביי שמו, אמר שניסה שני מרשמים המוצעים למעלה ולא עזרו לו לשכך את הכאבים והדימום עד שפגש סוחר ערבי שאמר לו לקחת חרצני זית בוסר, לקלותם באש על גבי מעדר חדש, ולהניחם בין שיניו. לאחר שעשה כעצתו הוא התרפא ממחלת הצפדינה. המשיכו התלמידים לשאול על מעשיו של החכם רבי יוחנן דלעיל שביקש עצת רופאה גויה; הלא חכמים קדמונים קבעו שאסור ללכת לרופאים גויים ולהתרפאות באמצעותם שמא הרופא הגוי יהרוג את היהודי? תשובה: היות ורבי יוחנן הוא אדם חשוב וידוע הרופאה הגויה לא תסתכן להורגו שמא תיתפס בידי משפט השלטון האוסר רצח כל אדם. המשיכו התלמידים לשאול: מעשה היה ברבי אבהו, שאף הוא אדם חשוב, שנזקק לתרופה לרגלו והלך לרופא כופר ומין שמרח על רגלו משחה רעילה שהייתה גורמת לקטיעת רגלו, ורק בזכות שני תלמידי חכמים, רבי אמי ורבי אסי שמם, שינקו בפיהם את הרעל מרגלו יצא בריא מכך. תשובה: הרופאה הגויה שאליה הלך רבי יוחנן הייתה מומחית ומפורסמת, ורופא מומחה לא מסכן את מקצועו ולכן אין חשש שיהרוג יהודי. המשיכו התלמידים לשאול: גם רופאו של רבי אבהו היה מומחה ומפורסם ואף על פי כן רצה לגרום נזק לרגלו. תשובה: רבי אבהו היה נוהג להתווכח עם הכופרים והמינים, ודיוניו עמם גרם להם לשנוא אותו ולרצות להזיקו אף על חשבון הפסד "מקצועם" ומומחיותם. (תלמוד בבלי מסכת עבודה זרה דף כח עמוד א).
נוסח התלמוד כלשונו:
"מכה של חלל – אין מתרפאין מהן. מאי בינייהו? איכא בינייהו: גב היד וגב הרגל, דאמר רב אדא בר מתנה אמר רב: גב היד וגב הרגל הרי הן כמכה של חלל, ומחללין עליהן את השבת. אמר רב זוטרא בר טוביה אמר רב: כל מכה שצריכה אומד – מחללין עליה את השבת. אמר רב שמן בר אבא אמר ר' יוחנן: והאי אישתא צמירתא כמכה של חלל דמי, ומחללין עליה את השבת. מהיכן מכה של חלל? פירש רבי אמי: מן השפה ולפנים. בעי רבי אליעזר: ככי ושיני, מאי? כיון דאקושי נינהו – כמכה דבראי דמו, או דלמא כיון דגואי קיימי – כמכה של חלל דמו? אמר אביי, ת"ש: החושש בשיניו לא יגמע בהן את החומץ; חושש הוא דלא, הא כאיב ליה טובא – שפיר דמי. דלמא תנא היכא דכאיב ליה טובא, חושש נמי קרי ליה. ת"ש: רבי יוחנן חש בצפדינא, אזל לגבה דההיא מטרוניתא, עבדה חמשא ומעלי שבתא, א"ל: למחר מאי? אמרה ליה: לא צריכת, אי צריכנא מאי? אמרה: אשתבע לי דלא מגלית, אישתבע לה לאלהא ישראל לא מגלינא, גלייה ליה, למחר נפק דרשה בפירקא; והא אישתבע לה! לאלהא דישראל לא מגלינא, אבל לעמיה ישראל מגלינא; והאיכא חילול השם! דגלי לה מעיקרא; אלמא כמכה של חלל דמיא! אמר רב נחמן בר יצחק: שאני צפדינא, הואיל ומתחיל בפה וגומר בבני מעיים. מאי סימניה? רמי מידי בי ככי ומייתי דמא מבי דרי. ממאי הוי? מקרירי קרירי דחיטי, ומחמימי חמימי דשערי, ומשיורי כסא דהרסנא. מאי עבדא ליה? א"ר אחא בריה דרבא: מי שאור ושמן זית ומלח; ומר בר רב אשי אמר: משחא דאווזא בגדפא דאווזא. אמר אביי: אנא עבדי כולהו ולא איתסאי, עד דאמר לי ההוא טייעא: אייתי קשייתא דזיתא דלא מלו תילתא, וקלנהו אמרא חדתא ודביק ביה דדרי, עבדי הכי ואיתסאי. ורבי יוחנן היכי עביד הכי? והאמר רבה בר בר חנה אמר רבי יוחנן: כל מכה שמחללין עליה את השבת – אין מתרפאין מהן! אדם חשוב שאני. והא רבי אבהו דאדם חשוב הוה, ורמא ליה יעקב מינאה סמא אשקיה, ואי לא רבי אמי ורבי אסי דלחכוהו לשקיה, פסקיה לשקיה! דרבי יוחנן רופא מומחה הוה. דרבי אבהו נמי רופא מומחה הוה! שאני רבי אבהו, דמוקמי ביה מיני בנפשייהו (שופטים טז) תמות נפשי עם פלשתים".